Семейство моделей 9-3 второго поколения дебютировало на автосалоне в Женеве 2002 года. Производство седанов 9-3 Sport Sedan началось на головном заводе SAAB в Трольхаттане летом 2002 года, а летом 2005 года модельный ряд дополнили универсалы SAAB 9-3 SportCombi. Осенью 2005 года была проведена модернизация, коснувшаяся в основном линейки силовых агрегатов. С осени 2006 года началось производство семейства 9-3 2007 модельного года с улучшенной аэродинамикой, более жестким на кручение кузовом, обновленным интерьером (новая панель приборов и центральная консоль, рулевое колесо и сиденья) и расширенной комплектацией, в которую входят стандартный для всех версий раздельный климат контроль с новым блоком управления и новая коммуникационная система (цветной дисплей 6,5 дюйма, навигация GPS/DVD, Bluetooth с GSM-телефоном (система BPIS).